Những năm đầu

Sinh ra ở Montevideo, sự nghiệp của anh bắt đầu tại câu lạc bộ quê nhà Defensor. Đầu tháng 2 năm 2007, anh ký hợp đồng với câu lạc bộ Villarreal của Tây Ban Nha, với thỏa thuận chuyển đến câu lạc bộ thi đấu vào đầu tháng 7.[3][4]

Khi đến Villarreal, anh được đem đi cho mượn tại câu lạc bộ Recreativo de Huelva lúc đó cũng đang thi đấu tại La Liga,[5] và là một trong những cầu thủ thường xuyên được ra sân nhất trong mùa giải. Anh cùng với Beto là cặp đôi trung tâm hàng phòng ngự của đội bóng xứ Andalusia. Kết thúc mùa giải, đội bóng của anh đã giành vị trí thứ 16. Ngày 9 tháng 1 năm 2008, anh có bàn thắng đầu tiên cho câu lạc bộ tại Cúp Nhà vua Tây Ban Nha.[6]

Barcelona

Cáceres gia nhập Barcelona vào ngày 4 tháng 6 năm 2008, với khoản phí chuyển nhượng được báo cáo là 16,5 triệu euro trả cho Villarreal. Một điều khoản mua lại trị giá 50 triệu Euro đã được cài trong bản hợp đồng kéo dài đến tháng 6 năm 2012 này.[7] Trong mùa giải duy nhất của anh tại Nou Camp, anh xuất hiện không thường xuyên bởi cả từ cả quyết định kỹ thuật và chấn thương.[8]

Ngay sau khi hồi phục chấn thương, Cáceres cũng chỉ là lựa chọn thứ tư sau Rafael Márquez, Gerard Piqué và Carles Puyol.[9] Anh có mặt trong ba trận đấu tại vòng loại lượt về UEFA Champions League thi đấu 217 phút. Tại trận chung kết, anh đăng ký trên băng ghế dự bị nhưng không được ra sân nhưng Barcelona đã giành chiến thắng trước Manchester United để giành cú ăn ba.

Cho Juventus mượn

Vào ngày 6 tháng 8 năm 2009, Barcelona đã cho Juventus mượn Cáceres, kèm theo điều khoản mua đứt vào cuối mùa giải với giá 11 triệu euro, cộng thêm 1 triệu euro tùy vào thành tích.[10] Anh ra mắt trong trận giao hữu trước mùa giải với đội bóng cũ Villarreal vào ngày hôm sau, thay thế Jonathan Zebina ở vị trí hậu vệ phải ngay khi kết thúc hiệp một.[11]

Mùa giải bắt đầu rất thuận lợi cho Cáceres khi anh có trận ra mắt và ghi bàn mở tỷ số trong chiến thắng 2 - 0 trên sân khách trước Lazio.[12] Dưới thời huấn luyện viên Ciro Ferrara, anh thường xuyên được ra sân nhưng bị gián đoạn bởi một số chấn thương, bao gồm cả chấn thương vào tháng 1 năm 2010 khiến anh không thể thi đấu trong vài tháng.[13]

Sevilla

Vào ngày 30 tháng 8 năm 2010, Cáceres trở lại Tây Ban Nha và tiếp tục được cho Sevilla mượn trong một mùa, với một điều khoản có thể mua đứt.[14] Anh sau đó là sự lựa chọn của huấn luyện viên Gregorio Manzano, nhất là sau sự Abdoulay Konko trở lại Genoa vào tháng 1 năm 2011.

Vào ngày 1 tháng 5 năm 2011, anh bị chấn thương nặng sau va chạm với Michael Jakobsen của UD Almería khiến thận bị tổn thương. Cầu thủ người Đan Mạch đã phải nhận một thẻ đỏ trực tiếp nhưng Cáceres chẩn đoán sẽ phải nghỉ thi đấu cho đến cuối mùa giải,[15] nhưng mọi việc tiến triển thuận lợi và trong hai trận đấu cuối mùa giải, anh đã thi đấu trở lại. Sevilla kết thúc ở vị trí thứ năm và đủ điều kiện tham dự UEFA Europa League vào mùa giải năm sau.

Vào ngày 31 tháng 5 năm 2011, Sevilla đã đồng ý một hợp đồng trị giá 3 triệu Euro cộng với 1,5 triệu euro tùy thành tích với Barcelona về việc mua đứt Cáceres về với sân vận động Ramón Sánchez Pizjuán.[16] Tuy nhiên vào cuối tháng 1 năm 2012, anh đã trở lại Juventus theo dạng cho mượn.[17]